基本操作

シューティング画面

１：スコア

現時点でのスコアが表示される。
※一部プラットフォームはプレイ開始前に表示コマンドを入力する必要あり

２：残弾数

残弾数が表示され、空になった際は"RELOAD"の表示が出る。

３：ライフ

プレイヤーの残りライフ。救急箱の取得などで増加する。1P側は赤、2P側は青で表示。
敵の攻撃を受けると1つ減少し、ライフが0になるとコンティニュー画面が表示される。

４：ボス耐久値

ボスエネミーの残り耐久値が表示される（ボス遭遇時のみ）。

５：キャンセルゲージ

ボスが攻撃してくる前に表示されるゲージ。
攻撃を受ける前に弱点などに撃ち込む事でゲージを減らし、空の状態になれば攻撃を阻止できる。

６：照準

画面上の狙っている位置に照準が表示される。OPTIONで非表示にしたり、形を変えてプレイする事も可能。
1P側は赤、2P側は青い照準が表示される。

ショットガンでの射撃＆リロード

本作の銃はショットガンであり、1発の射撃で散弾が発射される。照準の中心部分は威力が高い一方、外側は比較的威力が低い。そのため、効率的にダメージを与えるには照準の中心を敵に合わせ、散弾で複数の部位をまとめて撃つのがお薦め。

リロードはアーケードならガンコントローラ―のポンプアクションで、移植版ではガンコントローラを振るか、対応したリロードボタンを押す等の操作で行われる。ちなみにPS3版のみ、残弾数がゼロでない状態でボタンリロードを行うとリロード速度が通常より速くなる仕様となっている。移植版HOD3のリロード速度はアーケードのHOD3と比べて遅くなっているため、プレイする際はその差に注意しておこう。

二丁拳銃モード（アーケード専用）

アーケードのHOD3では2人分のクレジット投入後、『R･L･R･L･L･R･L･R･R』（L=1Pトリガー R=2Pトリガー）と入力してから始める事で、自動的にリロードが行われる二丁拳銃モードでプレイする事ができる。ポンプアクションによるリロード操作が不要にはなるが、リロード速度は通常よりも遅くなるため要注意。

ステージの進み方について

本作ではChapter0ならびにChapter1の途中までは一定のルートを進んでいくが、Chapter2～4はどの順でどのステージに進むかをプレイヤーが選択できる。ステージは大別して「研究室ステージ」「バイオ実験室ステージ」「管理情報システム部」の3つがあり、それぞれに表と裏、2つのルートが存在する。全体のプレイでは表と裏のルートを交互に進む事となるため、連続で表か裏一方のルートを選択する事はできない。

例としてChapter2で表ルートのステージであるD.B.R.研究室を選んでクリアした場合、続くChapter3では裏ルートのL3 バイオ実験室、もしくは管理情報システム部 西棟のどちらかを選ぶ事になる。

アイテム紹介

いずれのアイテムも撃つことで取得可能。また、箱などを壊して出現させた後しばらくすると点滅したのち消滅する。

通常アイテム

	歪んだ金貨 +200pts
	金貨 +300pts
	クリスタル硬貨 +1500pts（最大値） 1発撃つごとに100pts加点される。
	黄金のカエル +1000pts 一定間隔で飛び跳ねるため、若干狙いにくい。
	ミニマジシャン +2000pts 一定間隔でランダムな方向に移動と停止を繰り返す。
	メカゾンビー +3000pts 出現後ゆっくりと移動する。 15発撃ち込まなければ取得できない。
	救急箱 ライフを1つ追加する。 ライフ数が最大の状態で取った場合は300pts加点。

タイムアタックモード限定アイテム

以下のアイテムは移植版のタイムアタックモードでのみ出現。金貨や救急箱などのアイテムの代わりに出現するようになっている。いずれも1発撃つことで回収可能。

	時計（小） +100pts & 7秒追加
	時計（中） +250pts & 15秒追加
	時計（大） +500pts & 25秒追加

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