スコアについて

通常、ゲーム中のスコアはステージクリア時に表示されるリザルト画面でしか確認できないが、プレイ開始前に特定のコマンドを入力する事でステージ攻略中でもスコアが画面上（1P=左上 2P=右上）に表示されるようになる。

アーケード版

クレジット投入後、プレイ開始前にガンコントローラで『L･L･R･R･R･L･R』（L=1Pトリガー R=2Pトリガー）と入力。

Wii版

タイトル画面で、Wiiリモコンの十字キーで『左･左･右･右･右･左･右』と入力してからプレイを開始すればOK。

スコア配分

基礎点数
敵を撃つ（頭部以外）	+10
敵の頭を撃つ	+120（※1）
敵を倒す	+80
ボスの弱点を撃つ	+10（※2）
ボスを倒す	+1500
最終ボスを倒す	+2500
壊せるオブジェクトを撃って壊す	+10
コンティニューする	+1
ダメージを受ける	-100
最終ボス第1フェーズの球体攻撃を受ける	-100（※3）
生存者を助ける	+400
救出可能な生存者を敵の攻撃で死亡させる	-100
生存者を誤射する	-200
アイテムの取得
金のコインを取る	+100
ペンダントを取る	+400
宝石を取る	+600
金の像を取る	+800
金のカエルを取る	+1000
毒キノコを取る	-400
ライフが満タンの時に救急箱を取る	+600
命中率ボーナス（ステージクリア時に加算）
100%	+4000
99～90%	+3000
89～80%	+2500
79～70%	+2000
69～60%	+1500
59～50%	+1000
49～40%	+500
39%以下	+0

※1……連続でヘッドショットを成功させるとコンボが発生し、以降10点ずつ加算されていく。詳細は後述。
※2……チャプター1ボスのズィール（小悪魔）はヘッドショット判定があり、頭部を撃てばヘッドショット分のスコアが入る。また、クァール（鎧）は弱点ではないが撃つ事で10点加算される。
※3……球体攻撃でダメージを受けた場合は合計で-200点となる。また、被ダメージ後の数秒間はダメージを受けない状態となるが、その間に球体を撃ち落とせず受けた場合でもスコアは100点ずつ減点される。

ヘッドショットのコンボについて

モゥラーなど小型の敵以外は、頭部を撃つ事でヘッドショットとなり通常よりも多くのスコアが加算される。基礎点は120だが、頭部以外の部位を撃たずに連続でヘッドショットを成功させると、加算されるスコアが10点ずつ増えていく。コンボがリセットされるのは「頭以外の部位を撃った時」と「生存者を誤射した時」、そして「次のチャプターに移った時」の3つで、敵からダメージを受けたり何も無い場所を撃ってもコンボはリセットされない。

本作のスコアアタックにおいてはこのコンボが非常に重要であり、いかにコンボ数を稼げるかでスコアに大きく差が出てくる。敵への追い撃ちも含めヘッドショットのコンボ数をかなり稼ぐ事ができれば、ヘッドショット1発で数百点のスコアを得る事も可能。
　

トータルランクについて

最終ステージをクリアした後、最終的なスコアをもとにランクが表示される。ランクは8段階存在し、スコアがランクインした際はランキングでネームエントリーにて入力した名前やスコアと一緒に表示される。

最高ランクのSPECIAL AGENT（ランク1）の条件はスコア80000pts以上となっており、エンディングの分岐条件にもなっている。ランク2以下の場合は特に影響は無い模様。

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