隠し要素

難易度EXPERT

本作の最高難度であるEXPERTは初めは選択できないが、難易度HARDでゲームを開始してコーネリアのダメージが0%、ノーコンティニューの状態でランクB以上でクリアする事で解禁される。

ランクBの条件はトータルスコア15万点以上だが、先述の条件を満たしつつクリアする事で14万点は確実に確保できるので、意図的にスコアを稼がないようなプレイでもしない限りは問題無く達成できるだろう。
　

メダルに関する隠し要素

惑星ステージと大型空母ステージ、最終ステージにはメダルが隠されており、取得状況が記録されていく。難易度毎に隠されているメダルの数は以下の通り。

難易度HARD以下では一部の惑星ステージにしか挑戦できないため、一度の周回で全てのメダルを回収するのは不可能となっている。完全回収を目指す場合は同じ難易度を最低でも2周しなければならない。

シークレット・コロニーの出現

難易度毎に隠されたメダルを全て取得すると、その難易度でプレイ中のマップ画面にシークレット・コロニーが出現する。コロニー内は敵が出現せず、各スペシャルウェポンやツインブラスターといったアイテムを取得できるほか、ここでしか取得できないホーミングも入手可能。容易に自機を強化・回復できるため、解禁しておくと以降の攻略がかなり楽になる。

タイトル画面の変化

作中で取得できる全てのメダル（計52枚）を取得すると、タイトル画面のアンドルフの顔がフォックスの顔に変化する。
　

★ランク

ゲームオーバー、またはクリア時に表示される結果報告の画面ではランクE～Aまでの存在が確認できるが、Aランクより更に上の★（Star）ランクが隠されている。条件は25万点以上となっており、難易度EXPERTでのみ達成可能。コーネリアへのダメージが0%、かつノーコンティニューでもタイムが遅いと届かないため、達成難度は高めと言える。

★ランク達成のボーナス

★ランクを達成した際に選択していたキャラは、以降の周回で初めからツインブラスターを使用できるようになっている。該当キャラはパイロット選択画面で、スペシャルウェポンの横にツインブラスターの表示が追加されている。

また、6人全てのキャラクターで★ランクを達成していると、パイロット選択画面のBGMが前作スターフォックスのコーネリアのBGMに変化する。

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